污水厂的消毒方式有很多种，加氯消毒，二氧化氯，次氯酸钠，臭氧，紫外线灯。这些消毒方式在各个污水厂的设计中都有采用，消毒方式、限度原理各自不同，各自有各自的优缺点。污水厂的实际使用情况，包括从原料的采购，使用的便利性、安全性，使用费用等角度来看，越来越多的污水厂接受次氯酸钠作为污水厂的消毒剂。

污水厂的出水必须经过消毒，这是由于城市生活污水中含有大量的微生物，其中包含对人类有害的细菌，原生动物的卵囊虫及胞囊，蠕虫，病毒等。众多的有害微生物的检验工作量非常巨大，为了更快速的检测污水中的有害微生物数量，把粪大肠菌群数作为污水厂的生物学危害的指标，污水厂在排出厂之前，要进行相应的流程，来把粪大肠菌群数降低到一定的指标范围内，使污水中的有害微生物降低环境可接纳，这就是污水厂的消毒。要注意污水厂的消毒不是灭菌，消毒是达到一定数量就可以了，灭菌是全部灭杀。